La creación y origen del Instituto de Investigaciones Agropecuarias data del 8 de abril de 1964, fecha en que sus miembros fundadores constituyen una Junta General. Estos miembros fundadores son:

• Instituto de Desarrollo Agropecuario.
• Corporación de Fomento de la Producción.
• Universidad de Chile.
• Pontificia Universidad Católica de Chile.
• Universidad de Concepción.

INIA es dirigido por el Consejo Directivo Nacional, presidido por el Ministro de Agricultura quien delega la dirección ejecutiva de la institución en su Directora Nacional.

El Consejo está compuesto por seis consejeros titulares: dos representantes del Ministerio de Agricultura, un representante de las organizaciones gremiales relevantes constituidas por pequeños productores agrícolas, un representante de las organizaciones gremiales relevantes de los productores agrícolas de mayor tamaño, un experto en gestión y transferencia tecnológica del ámbito agropecuario y un académico del sector agropecuario, todos ellos designados por el Ministro de Agricultura , considerando los candidatos propuestos por los gremios empresariales, el Colegio de Ingenieros Agrónomos y las universidades que son miembros fundadores (U. de Chile, PUC y U. de Concepción). Además, cuenta con tres miembros suplentes, nombrados también por Minagri.

El Consejo Directivo Nacional tiene atribuciones para cumplir los acuerdos de las Juntas Generales de miembros fundadores, y dirigir el Instituto, administrarlo y disponer de sus bienes con amplias facultades.

A propuesta de la Directora Nacional, el Consejo aprueba el plan anual de actividades y el presupuesto del Instituto además de fijar las políticas a aplicar en las distintas áreas funcionales, nombrar y remover al secretario del Consejo y conferir mandatos especiales y delegar en el Director Nacional, los Sub Directores o alguno de los miembros del Consejo las facultades que estime convenientes.

Presidente del Consejo

**El Director Nacional en ejercicio participa en el Consejo Directivo Nacional con derecho a voz.