También en Quilamapu se levanta el Centro Tecnológico de Control Biológico (CTCB) que se constituye en el principal centro de investigación del país en esta disciplina, focalizándose en el control de plagas y enfermedades agrícolas y forestales utilizando microorganismos benéficos, ecología química, e insectos depredadores y parasitoides. Insertos en el CTCB están el Banco de Recursos Genéticos Microbianos que alberga la Colección Chilena de Microorganismos (CChRGM) y tres laboratorios especializados (identificación molecular; microbiología aplicada; bioprocesos) y el Centro Nacional de Bioinsumos (CeNBI).

Se han realizado esfuerzos importantes en las áreas de Transferencia y Extensión Agropecuaria. Cuenta con 12 Grupos de Extensión Tecnológica (GET) establecidos y otros en formación, además de capacitaciones permanentes a agricultores/as, asesores/as estudiantes/as, y alianzas con municipios y empresas.

En el área de insumos tecnológicos, INIA Quilamapu pone a disposición de productores/as: semillas certificadas INIA de trigos harineros y candeales, arroz, avena y porotos; además de bioestimulantes Endomix y hongos entomopatógenos, todos bajo la marca BioINIA.